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用新技术完成炭疽基因组测序

发布时间:2017-12-03 阅读:

  炭疽基因组测序与新技术

  佐治亚理工学院科学家使用一种称为RNA测序的新技术来描述炭疽芽孢杆菌的基因表达。该研究发表在最新版的细菌学杂志上,标志着任何细菌转录的完全定义(由表达不同基因的细菌产生的完整的信使RNAs集合),并且是研究细菌调节基因表达如何提供更多细节的基础。佐治亚州光学和电子实验室研究人员说,细菌基因组测序是相当普遍的,但更深入地定义其转录是一项艰巨的任务。使用传统方法,实际上转录本的结构和丰度一次只能确定一个基因,甚至最广泛研究的物种完全不能完成转录。 RNA测序方法使科学家能够克服传统方法的局限性,以非常详细的方式观察炭疽基因型B基因组中超过5,000个基因中的每一个的表达和调控。 RNA测序方法使用称为高通测序的技术进行,其允许对数百万信使RNA的同时测序。虽然这种方法在2008年被用来定义一些真核生物的转录,但是由于细菌信使RNA具有不同的结构并且不容易与细胞中的其他RNA分离,所以很难应用于细菌。为了解决这个问题,乔治亚理工学院和生命技术公司的研究人员开发了一套程序,使RNA测序适用于任何细菌。使用这种技术来研究B型炭疽,研究人员测序了从不同条件下收集的B型炭疽细胞。他们收集了超过2.7亿个“标签”的序列,每个序列对应一个RNA分子的短片段,然后使用他们自己定制的软件工具将它们拼接在一起。研究人员说,一旦结合起来,就很容易看到基因组的转录结构,基因组转录和非转录区域之间的明确界限,代表个别转录开始和结束的地方,这些转录边界准确地告诉研究人员哪里研究人员还发现,RNA测序本质上只是一种高通量计数技术,提供了一种方法来确定细胞中转录的丰富程度,这种方法有很多对基因表达的测量灵敏度高于传统的微阵列方法,通过将细菌基因组中的每个基因的结构和丰度信息结合起来,研究人员可以对抗生素发现和微生物工程等工作采取更为合理的方法。(来源:ScienceDaily,\\ u0026冯卫东)(J.Bacteriol。,Doi:10.1128 / JB.00122-09,Karla D. Passalacqua,Nicholas H. Bergman)

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